İTÜ Elektrik-Elektronik Fakültesi Elektrik Mühendisliği Bölümü lisans ve yüksek lisans programlarının ardından 1999 yılında İstanbul Üniversitesi Devlet Konservatuvarı Yarı Zamanlı Koro Şarkıcılığı Bölümü'nden mezun oldu.

1999-2001 yılları arasında London Academy of Music and Dramatic Arts (LAMDA) "Sahne Yönetimi ve Tekniği" Bölümü'nde ışık tasarımı eğitim aldıktan sonra 2002 yılında Türkiye'ye dönen Ayter, yurtdışında National Theatre, Royal Albert House ve West End'de, yurtiçinde ise muhtelif ödenekli kurum ve özel tiyatro sahnelerinde ve çeşitli uluslararası festivallerde bir çok projeye ışık tasarımcısı olarak imza attı.

2002 yılında bir İstanbul Büyükşehir Belediyesi Şehir Tiyatroları prodüksiyonu olan ve Şükrü Türen tarafından yönetilen "Othello" adlı oyun için yaptığı tasarımla Afife Jale Tiyatro Ödülleri'nde En İyi Işık Tasarımcısı Ödülü'ne aday gösterildi.

2004-2011 yılları arasında MSGSÜ Tiyatro ve Modern Dans Bölümleri ve Yıldız Teknik Üniversitesi Modern Dans Bölümü'nde "Işık Tasarımı ve Prodüksiyonda Sahne Arkası" dersleri verdi. 2015 yılında Bilgi Üniversitesi'nde de ders vermeye başlayan Ayşe Ayter, halen İstanbul Üniversitesi Tiyatro Eleştirmenliği ve Dramaturji Bölümü'nde doktora eğitimine devam etmektedir.